Основная проблема создания даже самых простых сайтов «на flash-анимации» — теряется «управляемость» сайтом.
Если сайт создан с применением обычных (не flash) технологий, то изменить находящуюся на нем информацию, например, поправить или добавить текст, изменить прайс и т.п. довольно просто. Достаточно уверенного пользователя Word и доступа в Интернет.
Если же сайт целиком «на flash-анимации», то для того, чтобы произвести подобные изменения потребуется помощь профильного технического специалиста, т.к. сайт представляет собой, по-сути «мультик».
Поэтому, в настоящее время, flash-анимация применяется для «украшения сайта», например создании бликов или других эффектов на логотипе, сменяющихся фото в «шапке» сайта и производстве различного рода рекламных баннеров, кнопок, иконок и т.п.