В XIX-XX вв. Европа словно бы заново открывала для себя Новый Свет после всех разрушений, которые принесла эпоха завоеваний Америки. Монте-Альбан в этом аспекте некоторые археологи считают равнозначным Трое Шлимана.
Через перешеек Теуантепек проходил едва ли не единственный сухопутный путь из центра Мексики на юго-восток, в сторону Юкатана, что способствовало бурному расцвету в V-IX вв. самого Монте-Альбана и всей территории, подчиненной ему, где жило примерно 500 тыс. человек. Это были в основном земледельцы, выращивавшие маис на основе эффективной для той эпохи ирригационной системы. Из ремесленных промыслов здесь процветали ткачество, гончарное дело, изготовление орудий труда, оружия и украшений из обсидиана, доставляемого из Теотиуакана.
Археологи определяют четыре условные фазы истории Монте-Альбана (все даты приблизительны). Первая (500-200-е гг. до н. э.) — становление сапотекского государства, создание свыше 300 резных каменных монументов. Во II фазу (200 г. до н. э. — 100 г. н. э.) Монте-Альбан — уже столица сапотекского государства. Между 250 и 1 г. до н. э. было возведено здание J, названное так по сходству его очертаний с этой буквой. Ill фаза (100-300-е гг.) отмечена возведением первой усеченной пирамиды и монументов с резными изображениями пленников после пыток, тела которых представлены со словно бы вывернутыми суставами, за что испанцы с долей цинизма прозвали изображенных людей «танцорами». В 300-650-е гг. возведены основные храмы и 170 подземных усыпальниц с фресками. В 600-700-е гг. наступает IV фаза. На каменных стелах появляются загадочные иероглифические надписи. К 650-700-м гг. сапотеки утратили свою власть в Монте-Альбане, она перешла к миштекам в итоге череды междоусобных войн и политических интриг. Центральная площадь приходит в упадок, а к началу 900-х гг. Монте-Альбан имеет значение прежде всего как некрополь знатных миштеков. В начале XV в. сапотеки были окончательно изгнаны из Монте-Альбана миштеками. Изгнанники перенесли свою столицу в город Йоо-Паа, созданный ацтеками и миштеками в VII-VIII вв. Ацтеки называли его Науатл Миктлан — «Врата смерти», а испанцы сократили его до просто Митла. В подобной символике для мезоамериканских индейцев не было ничего жуткого. По их верованиям, всякая эпоха неизбежно завершается катастрофой, после которой мир создается заново, причем всякий раз по-разному. Нельзя не признать, что не так уж сильно они на этот счет заблуждались. Митла со временем тоже стала археологической зоной.
И сапотеки, и миштеки культивировали ювелирное искусство и достигли в нем высочайшего мастерства. Среди открытых в Монте-Альбане сокровищниц самый грандиозный вид имела гробница №7: здесь хранились несметные сокровища, всего около 500 предметов. Это чеканные, с выпуклыми узорами золотые браслеты и многоэлементные ожерелья, украшения из нефрита, обсидиана, бирюзы, крупного жемчуга, янтаря, кораллов, застежки из зубов ягуара, костей и раковин. Среди всего это великолепия были и истинные шедевры — золотая маска бога Шипе «Потека, нос и щеки которой были обтянуты человеческой кожей; табакерка из позолоченных тыквенных листьев; а также миниатюрные черепа, по форме человеческие, высеченные из монолитных кристаллов горного хрусталя (кварца). На черепах нет ни малейших следов обработки какими-либо инструментами, следовательно, они создавались методом шлифовки, и подсчитано, что шлифовать их, чтобы добиться того результата, который налицо, потребовалось бы не менее 300 лет. Но это в нашем представлении, а секреты абразивов древних индейцев остаются нераскрытыми.
Среди археологов, открывших для мировой культуры Монте-Альбан, наибольший вклад внес мексиканский археолог и этнограф Альфонсо Касо (1896-1970 гг.), памятник которому встречает каждого, кто посещает Монте-Альбан.